Après quinze années de bons et loyaux services, le claviériste et percussionniste Madonna Wayne Gacy quitte le groupe en 2007, juste avant l'enregistrement de l'album 'Eat Me, Drink Me'.

Après avoir brièvement joué de la batterie sur la précédente tournée 'Against All Gods', Chris Vrenna remplace désormais Gacy sur la tournée 'Rape Of The World' de Marilyn Manson.

Tim Skold laisse de coté la basse pour jouer de la guitare sur scène. Manson embauche également le bassiste Rob Holiday sur la tournée.

En 2004, le guitariste John 5 est viré du groupe. Manson déclare que John 5 est un des meilleurs guitariste technique qui soit mais qu'il ne jouait pas avec le cœur. C'est Manson lui-même qui joue de la guitare sur le morceau 'Personal Jesus'.

Pour la tournée 'Against All Gods', le groupe embauche le guitariste Marc Chaussee. Pour une partie de la tournée, Chris Vrenna, ancien membre du groupe Nine Inch Nails, remplace Ginger Fish à la batterie.

Lassé du style de vie Rock'n'roll et du look outrancier, le bassiste et compositeur Twiggy Ramirez quitte Marilyn Manson au début de l'année 2003.
Il décide de rejoindre le groupe A Perfect Circle, le temps d'une tournée mondiale. Twiggy est aujourd'hui membre officiel de Nine Inch Nails.

Tim Skold, embauché pour co-produire l'album 'The Golden Age Of Grotesque', le remplacera à la basse sur le disque ainsi que sur la tournée 'Grotesk Burlesk' (2003/2004).

En 1998, pendant l'enregistrement de l'album 'Mechanical Animals', le guitariste Zim-Zum quitte le groupe. Manson prétend qu'il a été viré parce qu'il ne ne fournissait pas le même effort que les autres. Le guitariste, lui, prétend qu'il est parti de son plein gré parce qu'il voulait former un autre groupe.

Zim-Zum est remplacé par le guitariste John Lowery alias John 5.

En 1996, le guitariste et co-fondateur du groupe Daisy Berkowitz décide de quitter Marilyn Manson pendant l'enregistrement de l'album 'Antichrist Superstar'. Twiggy Ramirez prend sa place pour composer le reste du disque.

Le guitariste Timothy Michael Linton alias Zim-Zum, originaire de Chicago, est choisi par le groupe lors d'une audition pour jouer sur la tournée 'Dead To The World' (1996/1997).

En 1995, peu de temps avant la sortie de l'album 'Smells Like Children', Sara Lee Lucas est remplacé par le batteur Ginger Fish.

En 1994, peu de temps avant la sortie du premier album 'Portrait Of An American Family', le bassiste Gidget Gein est viré du groupe à cause de sa dépendance à l'héroïne.

Il est remplacé par Jeordie White alias Twiggy Ramirez qui jouait de la guitare dans le groupe de death metal Amboog A Lard. Bien qu'il soit présent sur les photos du livret, Ramirez ne participe pas à l'album.

En 1992, Brad Stewart alias Gidget Gein remplace Bundy à la basse et Stephen Gregory Bier alias M.W.Gacy remplace Speck au clavier. Puis les Spooky Kids se décident enfin à monter une audition afin de trouver un batteur (jusque là, le groupe utilisait une boite à rythme sur scène). Le seul musicien qui se présente est Fred Streithorst Jr alias Sara Lee Lucas. Désormais le groupe sonne comme un vrai groupe de scène.

Afin de jouer leur première cassette demo sur scène, Brian Warner alias Marilyn Manson et Scott Puttesky alias Daisy Berkowitz embauchent Brian Tutunick alias Olivia Newton Bundy à la basse et Perry Pandrea alias Zsa Zsa Speck au clavier. Ces deux derniers seront virés quelques jours plus tard.